2018年16期

沙田柚类蛋白激酶基因的鉴定及生物信息学分析

作  者 陈锦玲,徐媛,陈玉梅,李璐璐,李惠敏,秦新民
第一作者 陈锦玲
作者单位 广西师范大学生命科学学院,广西桂林
卷  号 46
发表年份 2018
发表刊期 16
发表页面 88-92
关  键  字 沙田柚;类蛋白激酶基因;生物信息学分析,
摘  要 [目的] 研究沙田柚类蛋白激酶基因编码的蛋白质序列所包含的生物信息学。[方法] 利用高通量测序对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到沙田柚类蛋白激酶基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行预测和分析。[结果] 该基因全长为2 323 bp,开放阅读框(ORF)全长为1 560 bp(Genbank登录号:MG925820),共编码519个氨基酸,分子质量为57.39 kD,等电点PI为8.55。该蛋白质含有1个植物STKc IRAK蛋白家族的保守结构域,为亲水性稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与克莱门柚和甜橙的同源性分别为 100%、99%。系统进化树表明沙田柚类蛋白激酶基因与克莱门柚和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。[结论] 该研究结果可为今后深入研究沙田柚自交不亲和机理提供参考。
附  件 沙田柚类蛋白激酶基因的鉴定及生物信息学分析
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