2018年16期

玉米β-甘露聚糖酶基因家族的生物信息学分析

作  者 高清松,孙辉,陈国冲,韦雨亭,黄雨晴,史胜男,胥明,周建
第一作者 高清松
作者单位 淮阴师范学院生命科学学院,江苏淮安
卷  号 46
发表年份 2018
发表刊期 16
发表页面 93-96,128
关  键  字 玉米;甘露聚糖酶;基因家族;进化分析;表达分析, ,
摘  要 [目的]鉴定出玉米基因组中的β-甘露聚糖酶基因(MAN),并分析其进化机制和表达模式。[方法]利用拟南芥MAN蛋白序列在玉米基因组数据库以及NCBI非冗余蛋白质数据库中比对搜索,获取玉米MAN家族全部成员;通过检索植物基因组复制数据库查找玉米MAN基因的片段复制事件;利用GSDS 2.0服务器分析基因外显子/内含子结构;采用MEGA7软件极大似然法构建系统发育树;利用芯片数据分析基因在不同组织器官中的表达模式。[结果]玉米基因组中含有6个MAN基因,分布于5条染色体上。没有玉米MAN基因起源于片段复制或串联重复事件。系统发育分析将植物MAN蛋白分为3个亚族(I~Ⅲ),说明其序列已发生分化。玉米MAN基因结构较为保守,蛋白质均含有甘露聚糖酶的核心基序。玉米MAN基因具有不同的表达模式,部分基因在发育叶片中表达量较高,部分基因在减数分裂期雄穗中表达量较高,而其余基因在胚芽鞘、初生根、授粉前果穗、花丝和发育种子中表达量较高。[结论]该研究结果为
进一步研究玉米MAN基因功能奠定了基础。
附  件 玉米β-甘露聚糖酶基因家族的生物信息学分析
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