2018年11期

生物土壤结皮土生对齿藓转录组SSR位点分析

作  者 陈莉,赵浩然,黄琳淞,玉苏甫江
第一作者 陈莉
作者单位 西北民族大学生命科学与工程学院,甘肃兰州
卷  号 46
发表年份 2018
发表刊期 11
发表页面 78-80
关  键  字 土生对齿藓;转录组;SSR,
摘  要 [目的]分析生物土壤结皮土生对齿藓转录组SSR位点。[方法]以生物土壤结皮土生对齿藓为材料,分析土生对齿藓转录组数据,开发土生对齿藓SSR分子标记技术。[结果]通过MISA软件对土生对齿藓高通量测序获得的73 084条unigenes进行SSR筛选。从搜索序列中发现4 103个符合条件的SSRs,分布在3 420条unigenes上,出现频率为5.62%。三核苷酸和二核苷酸为主要重复类型,分别占SSR总数的47.9%和26.1%,AGC/CTG(31.9%)和AG/CT(75.5%)分别是其主要重复基元。69.0%的基序长度为12~20 bp。[结论]土生对齿藓转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能大,为土生对齿藓分子生物学机制研究等方面提供理论依据。
附  件 生物土壤结皮土生对齿藓转录组SSR位点分析
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